Rappelons ce que nous avions appris dans Final Fantasy VII
La scène se passe 5 ans avant les évènements de Final Fantasy VII , dans un petit village nommé Nibelheim. Séphiroth et Zack, deux élites de SOLDAT avaient été envoyés là-bas pour faire une investigation du Réacteur Mako. Accompagné par ubas, Séphiroth et Zack découvrent de mystérieux humains ressemblant plus à des monstres de laboratoires que comme tel, exposés à la substance Mako. Séphiroth découvre également qu'il est écrit JENOVA sur une porte à l'intérieur du Réacteur, le nom de ce qu'on lui a dit être sa mère. Pendant plusieurs jours, Séphiroth s'enferme alors dans le vieux laboratoire de Nibelheim et lit tous les rapports et documents concernant les expériences du professeur Hojo et du professeur Gast sur la Mako et Jénova. Il apprend alors qu'il a été crée de la même manière que les "monstres" découverts au Réacteur Mako : on lui a injecté des cellules d'une Cetra nommé Jénova qui vivait il y a 2000 ans, trouvées à l'intérieur de la planète. Pris de folie, Séphiroth voit alors son existence comme la chance de rendre la planète aux Cetras, qui a ses yeux sont les véritables souverains de la planète et se trouve un but : trouver la Terre Promise. Il se prend alors de dégoût pour l'humanité actuelle tout entière qui a volé la planète aux Cetras, brûle le village de Nibelheim et tue tout les habitants qu'il croise.

C'est ici que "Final Fantasy VII : Last Order" commence ; lorsque le village a été brûlé et que Tifa cherche son père. Nous pourrons alors voir sa tentative de vengeance sur Séphiroth, la tentative de mettre fin à la folie de Séphiroth par Zack et la conclusion des évènements du Réacteur par Cloud. Ce jeune Cloud qui n'avait pas osé montrer son visage à Tifa car il n'avait pas pu devenir un SOLDAT d'élite comme il lui avait promit quelques années auparavant à Nibelheim : son village natal.

Last Order nous montre également les évènements juste avant le début de Final Fantasy VII. Ceux qui avaient en partie été dévoilés par une scène cachée de Final Fantasy VII : celle de Zack et Cloud dans ce fameux camion les menant à Midgar, après avoir quitté le laboratoire d'Hojo.