Le Manoir Croft est bien sûr de retour, équipé d'une salle technique où l'on trouvera les véhicules et autres gadgets de Madame. Plusieurs magazines et surtout le récent teaser ont annoncé que le Manoir Croft sera en partie détruit par une explosion suivie d'un incendie pendant l'aventure.

Un ami de la famille Croft confie à Lara que, juste avant de disparaître, son père prévoyait d'entreprendre des recherches dans un temple englouti au fin fond de la Méditerranée. Ce temple comporterait des vestiges en rapport avec la disparition de Lady Croft. Disposant des coordonnées, Lara s'y rend en yacht et plonge vers les grands fonds. Elle y découvre des preuves de l'existence du Marteau de Thor, une relique sortie de la mythologie nordique et qui confère les pouvoirs d'un dieu à celui qui la soulève. L'aventure commencera donc par un niveau sous-marin, chose inédite dans Tomb Raider.

C'est un temple dédié à Shiva qui accueille une partie de la nouvelle aventure. Cherchant à placer quatre gemmes dans les mains d'une statue géante du dieu, Lara se frottera aux preuves de l'existence de Bhogavati, l'autre monde hindou.

Les pérégrinations de Lara vont la mener dans les îles enserrées dans les glaces du Pôle Nord, à la recherche des vestiges de Helheim, le monde souterrain des Vickings.