Le Prince est de retour à Babylone pour sauver son royaume ! Après son périple sur l’Ile du Temps, le Prince de Perse est de retour à Babylone avec la femme qu’il aime, l’Impératrice du Temps Kaileena. Mais à la place du havre de paix qu’il croyait trouver, il découvre son royaume dévasté par la guerre et Kaileena est tuée sous ses yeux par un puissant ennemi. La mort de l’impératrice libère les Sables du Temps qui menacent de détruire tout ce qui est cher au Prince. Livré à lui-même dans une ville désormais hostile, pourchassé tel un fugitif, le Prince découvrira bientôt que ses précédents combats ont donné naissance au maléfique Dark Prince, qui prend peu à peu possession de son âme.